Analiza jakości żywności oparta na monitoringu cech fizykochemicznych (aktywność wody, kwasowość) składu biochemicznego i czystości mikrobiologicznej produktów żywnościowych o różnym stopniu przetworzenia i utrwalenia: ziarno zbóż, nasiona roślin strączkowych, kiełki roślin, bulwy, korzenie zapasowe, mleko, jaja oraz produkty powstałe z ich przetwarzania.
Fizjologiczne, biochemiczne, chemiczne i biologiczne aspekty psucia się żywności.
Wykrywanie skażeń mikrobiologicznych (grzybowych i bakteryjnych) powstałych podczas uprawy roślin, przechowywania i przetwarzania żywności, z wykorzystaniem technik pośrednich (hodowlanych) i bezpośrednich (mikroskopowych: mikroskop świetlny stereoskopowy, fluorescencyjny). Oznaczanie zanieczyszczeń żywności powstających w wyniku niewłaściwego nawożenia, ochrony roślin, konserwowania żywności: określanie stężenia fosforanów i polifosforanów, azotanów III i V, nitrozamin, związków siarki (siarczany, siarkowodór). Techniki konserwacji żywności: fizyczne (chłodzenie i zamrażanie oraz metody regulujące aktywność wody – suszenie, działanie osmoaktywne, obniżanie pH), chemiczne (konserwanty), termiczne (pasteryzacja, sterylizacja). Wpływ metod konserwacji oraz pakowania żywności na jakość żywności. Podstawowe procesy mikrobiologicznego przetwarzania surowców wykorzystywane w przemyśle spożywczym (fermentacja mlekowa, alkoholowa, cytrynowa). Potencjał enzymatyczny ziarniaków zbóż, zależność aktywności, zróżnicowania i jakości drożdży piekarniczych, winiarskich, browarniczych od czasu i sposobu przechowywania. Techniki hodowli mikroorganizmów wykorzystywanych w technologiach produkcji żywności. Metody przygotowania prób do analizy: homogenizacji, zagęszczania, ekstrakcji, precypitacji, analizy metabolitów: cukrów prostych i polisacharydów, białek, tłuszczy z wykorzystaniem miareczkowania, chromatografii cienkowarstwowej TLC, HPLC, spektroskopii UV-Vis.

Na zajęciach laboratoryjnych studenci poznają metody: oznaczania ogólnej liczebności i aktywności mikroorganizmów w glebach niezanieczyszczonych i skażonych metalami ciężkimi; oznaczania liczebności mikroorganizmów tolerujących wysokie stężenia metali ciężkich;  określania fitotoksyczności metodą Phytotoxkit; badania zdolności wybranych szczepów do (a) uruchamiania P z nierozpuszczalnych związków mineralnych, (b) uwalniania N ze związków organicznych, (c) produkcji sideroforów i kwasu indolilooctowego; określania efektu biotycznego miedzy wybranymi szczepami grzybów oraz antagonistycznych oddziaływań między szczepami grzybowymi i bakteryjnymi.

Na zajęciach laboratoryjnych studenci badają aktywność biologiczną różnych środowisk. Poznają techniki pobierania i przygotowania prób środowiskowych do badań mikrobiologicznych i biochemicznych, oznaczają różnymi metodami ogólną liczebność bakterii i grzybów oraz liczebności różnych grup fizjologicznych mikroorganizmów, określają aktywność enzymatyczną prób pobranych ze środowisk, identyfikują i oznaczają stężenie produktów mikrobiologicznych przemian powstających w wybranych etapach krążenia pierwiastków w wybranych środowiskach.