Kurs obejmuje takie zagadnienia jak:
1. Podstawy PYTHONa
2. Programowanie funkcyjne i obiektowe w Pythonie
3. Operacje WE/WY w Pythonie
4. Operacje na tabelach i w SQL w obrębie PYTHON
5. Omówienie bioblioteki BIOPYTHON, wrapy do ENTREZ i BLAST
6. Przykłady zastosowań do identyfikacji protein w genomie wirusa SARS COV2, klasyfikacje hierarchiczne genów w ontologii GO
czy też badanie wpływu mutacji genowych na poziom beta-metylacji komórek.
Standardowe biblioteki (chyba)
math, random, time, string, sys, functools, sqlite3, os, warnings,
Trzeba zainstalować
Biopython, reportlab, numpy, pandas, seaborn, matplotlib, scipy, goatools, re
1. Języki opisu rzeczywistości RDF, RDFs i OWL
2. Edytor Protege.
3. Ontologia GO i inne ontologie medyczne
4. "Wrapy" do ontologii z PYTHONa i R
5. DBPedia i FOAF
6. Algorytmy sprawdzania poprawności ontologii (reasonery) i ich związek z językiem PROLOG, algorytm tableau
1. Rekurencje i ich metody rozwiązywania
2. Elementy teorii liczb i ich wykorzystanie w szyfrowaniu
3. Metody implementacji liczb wymiernych w komputerze
4. Kombinatoryka
5. Algebra wielomianów
6. Metoda rozwiązywania równań rekurencyjnych za pomocą funkcji potęgowych
7. Ocena efektywności konstrukcji algorytmicznych
W ramach przedmiotu Modelowanie i symulacje omawiać będziemy etapy modelowania, kalibrację i walidację modelu, metody informatyczne różniczkowania i całkowania, różne modele w fizyce, biomatematyce, finansach, itp. automaty komórkowe oraz problemy związane z chaosem deterministycznym. Narzędzia programistyczne to MATLAB, SIMULINK oraz PYTHON (z bibliotek VPYTHON).
Podstawy programowania w języku PYTHON.